Về việc xử lý đất thải từ hoạt động sản xuất nông nghiệp trên địa bàn huyện Lý Sơn, phía Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Quảng Ngãi có ý kiến, do tập quán sản xuất tỏi, hành của nông dân tại huyện Lý Sơn còn sử dụng nhiều loại phân bón hóa học và thuốc bảo vệ thực vật, nên khả năng tồn lưu dư lượng thuốc bảo vệ thực vật và phân bón trong đất thải là rất lớn. Nếu để nông dân tự ý đổ ra biển không có sự kiểm soát sẽ có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường biển, ảnh hưởng đến các sinh vật thủy sinh.
Vì vậy, để đảm bảo đất thải khi đổ xuống không làm ảnh hưởng đến môi trường biển, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị, sau mỗi lần thay đất, chính quyền địa phương cần tổ chức thu gom lượng đất thải nông nghiệp về một đầu mối và kiểm tra dư lượng thuốc bảo vệ thực vật, dư lượng phân bón hóa học trong lượng đất thải trên. Nếu đảm bảo các tiêu chuẩn an toàn thì đổ ra biển, còn nếu chỉ tiêu trên vượt mức giới hạn cho phép thì cần phải có biện pháp xử lý trước khi thải ra biển.
Nông dân thay mới lớp đất cũ sau mỗi vụ hành, tỏi trên đảo Lý Sơn.
Về ý kiến của Sở Xây dựng, qua nghiên cứu các điều khoản, quy định của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Tài nguyên và Môi trường hướng dẫn chi tiết về thu gom, lưu trữ chất thải phát sinh trong các hoạt động nông nghiệp. Sở Xây dựng đề nghị nên nghiên cứu theo hướng tận dụng phục vụ thi công san lấp mặt bằng các công trình xây dựng trên địa bàn huyện Lý Sơn. Nếu quy hoạch vị trí đổ thải riêng phải đảm bảo phù hợp với quy hoạch xây dựng tỷ lệ 1/2000 huyện Lý Sơn được phê duyệt.