Được biết, ngoài ông Nguyễn Hồng Trường, Cơ quan điều tra còn áp dụng biện pháp tố tụng với Nguyễn Chí Thành, quyền vụ trưởng Vụ Tài chính, Bộ GTVT; nguyên Bộ trưởng GTVT Đinh La Thăng; và Nguyễn Trung Cường, chuyên viên vụ Tài chính, Bộ GTVT.
4 bị can trên bị khởi tố vì tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" theo Điều 219, Bộ luật Hình sự năm 2015.
Cựu Thứ trưởng GTVT Nguyễn Hồng Trường
Ông Nguyễn Hồng Trường (63 tuổi), quê quán Nghệ An. Trước khi được Thủ tướng bổ nhiệm giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ GTVT vào tháng 4/2007, ông Trường là Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Phó chủ tịch UBND tỉnh Nghệ An. Ông Trường giữ chức Thứ trưởng Bộ GTVT trong 10 năm (2007 - 2017); nhận quyết định nghỉ hưu theo chế độ từ 1/8/2017.
Trung tuần tháng 7 năm ngoái, ông Nguyễn Hồng Trường đã bị Ban Bí thư T.Ư Đảng ra quyết định kỷ luật bằng hình thức cách chức ủy viên Ban cán sự đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 - 2016 và 2016 - 2021.
Trong thời gian giữ cương vị Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng, Trưởng Ban Chỉ đạo đổi mới và phát triển doanh nghiệp Bộ Giao thông vận tải, ông Nguyễn Hồng Trường cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự đảng Bộ Giao thông vận tải. Chịu trách nhiệm cá nhân về ký các quyết định phê duyệt giá trị doanh nghiệp, phương án cổ phần hoá, thoái vốn nhà nước tại nhiều doanh nghiệp, đơn vị thuộc Bộ Giao thông vận tải, đề nghị Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án cổ phần hoá, cho cổ phần hoá,… không đúng thẩm quyền, vi phạm các quy định của pháp luật về cổ phần hoá, quản lý vốn tại các doanh nghiệp; đồng ý cho Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam thực hiện một số hoạt động không đúng với quy định của Luật Doanh nghiệp năm 2013 và các quy định của Chính phủ; thiếu kiểm tra, để các doanh nghiệp được phân công phụ trách vi phạm, khuyết điểm gây thất thoát tài sản của nhà nước.
Quá trình kiểm điểm, ông Nguyễn Hồng Trường đã nhận thức rõ vi phạm và trách nhiệm của mình trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công.
Vi phạm, khuyết điểm của ông Nguyễn Hồng Trường là nghiêm trọng, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng, ngành giao thông vận tải và cá nhân ông.
Căn cứ Quy định số 102-QĐ/TW, ngày 15/12/2017 của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm. Xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả các vi phạm và quá trình công tác, Ban Bí thư quyết định thi hành kỷ luật ông Nguyễn Hồng Trường bằng hình thức cách chức Uỷ viên Ban cán sự đảng Bộ Giao thông vận tải nhiệm kỳ 2011-2016, 2016-2021. Đồng thời, Ban Bí thư yêu cầu cấp có thẩm quyền xử lý kỷ luật về hành chính đối với ông Nguyễn Hồng Trường đồng bộ với xử lý kỷ luật về Đảng.
Đến tháng 9/2019, tại Quyết định 1246/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức Xóa tư cách nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải giai đoạn 2011 - 2015 và 2016 - 2017 đối với ông Nguyễn Hồng Trường do đã có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác và Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật về Đảng.
Theo kết luật của Ủy ban Kiểm tra Trung ương tại kỳ họp thứ 35, Ban cán sự đảng Bộ Giao thông vận tải đã vi phạm nghiêm trọng nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, để xảy ra nhiều vi phạm, khuyết điểm trong thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại một số doanh nghiệp thuộc Bộ Giao thông vận tải.
Các Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng gồm: Ông Nguyễn Hồng Trường, ông Nguyễn Văn Công, ông Nguyễn Ngọc Đông và ông Nguyễn Nhật cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự đảng và trách nhiệm cá nhân trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công.
Tại kỳ họp thứ 37, Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận: Xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả vi phạm; căn cứ quy định của Đảng về xử lý kỷ luật đảng viên, Ủy ban Kiểm tra Trung ương quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo ông Nguyễn Văn Công, Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải; thi hành kỷ luật bằng hình thức khiển trách ông Nguyễn Ngọc Đông, ông Nguyễn Nhật, Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải.