Ngay sau khi vụ tai nạn thương tâm xảy ra, công tác tìm kiếm cứu nạn đã được triển khai khẩn trương, tích cực với sự tham gia của nhiều lực lượng phương tiện, bao gồm: tàu chuyên dụng tìm kiếm cứu nạn SAR 412, SAR 274 đóng tại Đà Nẵng, tàu CSB 4037, 5 ca nô, 1 xuồng cao-su của Biên phòng, 3 ca nô công an, 2 ca nô của dân quân và quân sự, 10 tàu doanh nghiệp và 13 tàu cá ngư dân.
Các lực lượng cứu hộ đã tìm thấy thi thể cuối cùng trong vụ chìm cano ở Hội An
Ngoài ra 2 trực thăng của lực lượng không quân cũng được điều động ngay để rà soát từ trên cao. Kết thúc ngày 26/2, tại hiện trường còn 4 nạn nhân mất tích.
Theo thông tin từ Trung tâm Phối hợp tìm kiếm, cứu nạn hàng hải Việt Nam, trực thuộc Cục Hàng hải Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải, vào lúc rạng sáng ngày 27/2, 2 thi thể không mặc áo phao trôi dạt vào gần bờ đã được phát hiện.
Lực lượng cứu nạn đã triển khai xác định vị trí xác tàu và tiến hành tìm kiếm dưới mặt nước, đến 23 giờ 15 phút ngày 27/2, lực lượng tại hiện trường đã phát hiện thêm 1 thi thể còn mắc kẹt trong tàu.
Tại hiện trường, tàu chuyên dụng tìm kiếm cứu nạn SAR 412; SAR 274 và tàu CSB 4037 thực hiện tìm kiếm trên khu vực trải dài dọc ven bờ biển, mở rộng từ khu vực Cửa Đại. Các tàu tìm kiếm cứu nạn đã triển khai hạ xuống, rà soát khu vực ven bờ biển và có địa hình hiểm trở mà tàu thuyền không thể ra vào.
Vào lúc 14 giờ 5 phút ngày 28/2, tổ công tác của Trung tâm trong quá trình rà soát khu vực khe đá ven bờ biển Cửa Đại đã phát hiện thi thể nạn nhân cuối cùng là cháu N.M.Q (3 tuổi, quê Hà Nội). Thi thể được tìm thấy khi trôi dạt vào bờ kè chắn sóng và mắc kẹt trong bãi đá, cách hiện trường khoảng 2 km và đã được tiến hành cứu vớt và đưa về bờ.
Như vậy đến nay, lực lượng chức năng đã cứu sống 22 người, tìm thấy 17 người tử vong (tổng cộng toàn bộ 39 người) trong vụ việc chìm tàu đáng tiếc nêu trên.